|
|
Enviromentální DNA-nevyčerpatelný zdroj unikátních bakteriálních genů
Culka, Martin ; Černá, Věra (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Enzymologický výzkum se v současné době zaměřuje na hledání variant známých enzymů s pozměněnými vlastnostmi či zcela nových katalyticky účinných proteinů. Klasický přístup vyhledávání nových genů založený na kultivaci mikroorganismů však selhává u environmentálních vzorků, neboť je tvoří zejména nekultivovatelné mikroorganismy. Proto byl vyvinut nový tzv. "metagenomický" přístup umožňující přímou komplexní analýzu mikrobiálních populací, který spočívá v izolaci celkové DNA (RNA) z daného prostředí a její následné sekvenční (genotypové) či funkční (fenotypové) analýze. V této práci byl aplikován metagenomický přístup při hledání nových variant penicilin-G-acylasy, enzymu katalyzujícího hydrolysu, resp. tvorbu vazby acylu na β-laktamové jádro a uplatňujícího se při výrobě polosyntetických β-laktamových antiobiotik, v jedenácti vzorcích odpovídajících 4,5 m půdnímu horizontu. Pomocí sekvenční analýzy PCR amplikonů získaných na metagenomických templátech byly získány nukleotidové sekvence podstatné části potenciálních strukturních penicilinacylasových genů vykazujících po překladu nejvyšší stupeň homologie s penicilinamidasou z Conexibacter woesei. Pokračováním této metagenomické studie bude amplifikace alespoň jednoho kompletního strukturního genu pro environmentální penicilinacylasu, avšak klonované...
|
|
|
Sledování a detekce kmenů Escherichia coli a Klebsiella pneumoniae s produkcí ESBL v Nemocnici Prachatice, a. s. v období 2014-2018.
TVRDKOVÁ, Pavla
Bakteriální rezistence a její stále se zvyšující nárůst je velmi závažným problémem rozšířeným po celém světě. Některé bakterie jsou rezistentní přirozeně, některé však rezistenci získávají. Proto se můžeme setkat s bakterií, která byla původně antibiotiky bez problémů zničena, ale v průběhu času, díky komunikaci mezi různými bakteriálními druhy a předávání si informací v podobě různých mutací a také často i nesprávnému podání antibiotik a působení selekčního tlaku, se stane bakterií rezistentní na určitá antibiotika. Jedním typem takto získané rezistence je produkce širokospektrých beta laktamáz typu ESBL. Cílem této práce je zjistit zastoupení a vývoj produkce ESBL u kmenů Escherichia coli a kmenů Klebsiella pneumoniae, jakožto nejčastějších producentů těchto širokospektrých beta laktamáz, na jednotlivých nemocničních odděleních a v různých typech klinického materiálu v časovém úseku 5 let. Práce je také zaměřena na vývoj antibiotické rezistence rovněž v časovém úseku 5 let. Sběr dat a metodické provedení probíhalo na Oddělení lékařské mikrobiologie v Nemocnici Prachatice, a.s. Pro určení mikroba byla použita komerční souprava ENTEROtest 24 N a INDOL test. Pro stanovení citlivosti k antimikrobiálním látkám byla použita disková difuzní metoda a metoda stanovení minimální inhibiční koncentrace. Pro detekci ESBL byl požit komerční set MASTDISC AmpC a ESBL (D68C). Bylo zjištěno že, téměř každým rokem (kromě 2016) se počet kmenů Escherichia coli s produkcí ESBL a kmenů Klebsiella pneumoniae s produkcí ESBL zvyšoval. Bylo také zjištěno, že největší počet producentů ESBL byl zachycen u kmenů Klebsiella pneumoniae. Dále byly producenti ESBL rozděleni podle nemocničních oddělení, kde byl zjištěn u obou producentů nejčastější výskyt ESBL na interním oddělení. Dále bylo provedeno rozdělení producentů ESBL podle záchytu v různých typech klinického materiálu, kde u obou mikrobů byl největší záchyt v moči. Díky této skutečnosti byl zjištěn vývoj antibiotické rezistence u obou mikrobů v časovém úseku 5 let právě ve vzorcích moči. Při sledování vývoje antibiotické rezistence v časovém úseku 5 let nebyl zjištěn u jednotlivých antimikrobiálních látek výrazný nárůst rezistentních kmenů. Pouze u cefalosporinů 3. generace byl zaznamenán jistý nárůst rezistence téměř každým rokem u obou mikrobů. Konkrétně u izolátů Escherichia coli se procentuální počet rezistentních kmenů na tato antibiotika zvýšil z 6 % na 9 % a u izolátů Klebsiella pneumoniae se zvýšil z 29 % na 33 %.
|
|
|
Výskyt ESBL kmenů v Nemocnici Písek, a.s.
KOTHÁNKOVÁ, Michaela
Rezistence na ATB je čím dál větším problémem na celém světě. Rezistence se u bakterií vyskytuje přirozeně nebo rezistenci získají genovými mutacemi, kde dochází k předání genetické informace mezi rody či druhy. Tyto kmeny jsou poté rezistentní k antibiotikům, která jsou jinak účinná. Největším problémem je, že v těchto případech se prodlužuje léčba, zvyšuje se mortalita i morbidita pacientů a zvyšují se především náklady léčby. Úvodní teoretická část práce je věnována charakteristice a typům účinku antimikrobiálních látek, beta-laktamovým antibiotikům, rezistenci na antibiotika, kde jsou popsány cesty přenosu rezistence, multirezistence a mechanismy rezistence. Dále je tato část věnována beta-laktamázám a jejich klasifikaci, širokospektrým beta-laktamázám (ESBL) a jejich producentům, zejména rodu Klebsiella, rodu Escherichia, rodu Enterobacter a rodu Proteus. Poslední kapitola této části je zaměřena na dopad rezistence na terapii a možnosti léčby. Metodická část práce byla prováděna na Oddělení klinické mikrobiologie Nemocnice Písek, a.s., kde byl sledován záchyt ESBL pozitivních kmenů rodu Klebsiella, rodu Escherichia, rodu Enterobacter a rodu Proteus během jednoho roku (leden-prosinec 2016). Tato část práce je zaměřena na mikroby zmiňovaných rodů a jejich citlivosti k antibiotikům. V případě testování citlivosti se jedná o diskový difúzní test založený na inhibiční zóně a o bujonovou mikrodiluční metodu, která je založena na minimální inhibiční koncentraci. Dále tato část popisuje vyšetření produkce ESBL, kde je popsán screeningový test pomocí chromogenní půdy Brilliance ESBL agar a metoda průkazu produkce ESBL a AmpC nazývaná MAST test. Poslední kapitola této části je věnována kontrole kvality. V praktické části práce nalezneme porovnání výskytu bakterií rodu Klebsiella, rodu Escherichia, rodu Enterobacter, rodu Proteus a jejich produkce ESBL. Dále je tato část věnována rozdělení izolátů s produkcí ESBL dle typu nemocničního oddělení, kde byl zjištěn největší záchyt na oddělení následné péče a oddělení sociálních lůžek. Tato část také popisuje rozdělení izolátů produkujících ESBL dle typu klinického materiálu, kde byl obrovský záchyt v moči. Dále byl porovnán počet producentů ESBL v nemocnici a komunitě, kde byl zjištěn 85 % výskyt v nemocnici, což se předpokládalo.
|
|
| |
|
|
Enviromentální DNA-nevyčerpatelný zdroj unikátních bakteriálních genů
Culka, Martin ; Černá, Věra (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Enzymologický výzkum se v současné době zaměřuje na hledání variant známých enzymů s pozměněnými vlastnostmi či zcela nových katalyticky účinných proteinů. Klasický přístup vyhledávání nových genů založený na kultivaci mikroorganismů však selhává u environmentálních vzorků, neboť je tvoří zejména nekultivovatelné mikroorganismy. Proto byl vyvinut nový tzv. "metagenomický" přístup umožňující přímou komplexní analýzu mikrobiálních populací, který spočívá v izolaci celkové DNA (RNA) z daného prostředí a její následné sekvenční (genotypové) či funkční (fenotypové) analýze. V této práci byl aplikován metagenomický přístup při hledání nových variant penicilin-G-acylasy, enzymu katalyzujícího hydrolysu, resp. tvorbu vazby acylu na β-laktamové jádro a uplatňujícího se při výrobě polosyntetických β-laktamových antiobiotik, v jedenácti vzorcích odpovídajících 4,5 m půdnímu horizontu. Pomocí sekvenční analýzy PCR amplikonů získaných na metagenomických templátech byly získány nukleotidové sekvence podstatné části potenciálních strukturních penicilinacylasových genů vykazujících po překladu nejvyšší stupeň homologie s penicilinamidasou z Conexibacter woesei. Pokračováním této metagenomické studie bude amplifikace alespoň jednoho kompletního strukturního genu pro environmentální penicilinacylasu, avšak klonované...
|
host ::
RSS.